ธรรมนูญว่าด้วยระบบสุขภาพแห่งชาติ เป็นเครื่องมือตาม พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ พ.ศ.2550 ที่ใช้เป็นกรอบและแนวทางในการกำหนดนโยบาย ยุทธศาสตร์ และการดำเนินงานด้านสุขภาพของประเทศ โดยกำหนดให้มีการทบทวนอย่างน้อยทุก 5 ปี
   ธรรมนูญว่าด้วยระบบสุขภาพแห่งชาติ ฉบับแรกประกาศใช้เมื่อปี 2552 และฉบับที่ 2เป็นกรอบแนวทางในการดำเนินงานด้านสุขภาพที่ครอบคลุมสุขภาพในทุกมิติ คือ กาย จิต ปัญญา และสังคม เป็นภาพพึงประสงค์ร่วมของระบบสุขภาพ และเป็นกรอบแนวคิดของการจัดทำธรรมนูญสุขภาพพื้นที่ อีกทั้งยังเป็นเครื่องมือสื่อสารสำหรับการเปลี่ยนแปลงสู่ระบบสุขภาพในอนาคตที่เพิ่มเติมเนื้อหาจากฉบับแรกที่มี 12 หมวด เป็น 17 หมวด ได้แก่ หมวดสิทธิและหน้าที่ด้านสุขภาพ สุขภาพจิต สุขภาพทางปัญญา การอภิบาลระบบสุขภาพ และธรรมนูญสุขภาพพื้นที่ พร้อมปรับปรุงเนื้อหาสาระให้ครอบคลุมและสอดคล้องกับสถานการณ์ที่เปลี่ยนแปลงไป เพื่อเป็นเครื่องมือฉายภาพอนาคตของระบบสุขภาพในอีก 10 ปีข้างหน้า
 คณะรัฐมนตรีมีมติเมื่อวันที่9สิงหาคม2559เห็นชอบธรรมนูญว่าด้วยระบบสุขภาพแห่งชาติฉบับที่2พ.ศ.2559ตามที่คณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติเสนอและได้รายงานสภานิติบัญญัติแห่งชาติทราบเมื่อวันที่2กันยายน2559อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 46 วรรคสามแห่งพระราชบัญญัติสุขภาพแห่งชาติพ.ศ.2550 คณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติได้ประกาศธรรมนูญว่าด้วยระบบสุขภาพแห่งชาติฉบับที่ 2 พ.ศ.2559 ณ วันที่ 8 พฤศจิกายน พ.ศ. 2559และลงในราชกิจจานุเบกษา วันที่ 7 ธันวาคม 2559